Lionel Andrés Messi Cuccittini nació el 24 de junio de 1987 en el Hospital Italiano Garibaldi de la ciudad de Rosario, en la provincia de Santa Fe. Es el tercer hijo de Jorge Horacio Messi y Celia María Cuccittini. Tiene dos hermanos mayores, Rodrigo y Matías, y una hermana menor, María Sol. Su familia paterna es originaria del municipio italiano de Recanati, de donde su bisabuelo, Angelo Messi, emigró a Argentina en 1883. Fue su abuela materna, Celia, la que lo alentó a dedicarse al fútbol y a quien él agradece tras convertir un gol, señalando al cielo con las dos manos. Dos de sus primos (Maximiliano y Emanuel Biancucchi) son también futbolistas. Estudió en la escuela primaria N° 66 "Gral. Las Heras".
Con apenas cuatro años, comenzó a practicar fútbol en el club Abanderado Grandoli, ubicado al sur de Rosario, en el barrio Grandoli, a pocas cuadras de su casa. Su primer entrenador fue Salvador Aparicio. En 1994, comenzó a entrenarse en las divisiones inferiores de Newell's Old Boys. A la edad de ocho años, le fue diagnosticada una deficiencia de la hormona de crecimiento. Durante un año y medio, el tratamiento, de 900 dólares mensuales, lo cubrieron su obra social y Acindar, siderúrgica en la que trabajaba su padre.Una vez que entendió el paso a paso, el pequeño Leo se hizo cargo de la situación con una madurez que sorprendía y llevaba las agujas de un lado a otro.
En 1995, jugó un torneo no oficial con Central Córdoba.
En 1999, el equipo italiano Como tuvo la oportunidad de ficharlo, pero finalmente no lo hizo por las dificultades que presentaba la mudanza de la familia. Al año siguiente, tras haber sido reclutado por Federico Vairo en Rosario, Messi fue a Buenos Aires a probarse a River Plate. Eduardo Abrahamian, encargado de las divisiones infantiles del club, pidió su incorporación, pero esta nunca se concretó.
El 3 de septiembre, con trece años, dio su primera entrevista a un medio de comunicación en el suplemento "Pasión Rojinegra" del diario La Capital de Rosario.
Dos ojeadores de Buenos Aires, enterados de su paso por River, se pusieron en contacto con su socio en Barcelona, Horacio Gaggioli, quien a su vez se comunicó con el agente Josep María Minguella. Minguella decidió llamar a Carles Rexach para pedirle que probaran al jugador.
El 17 de septiembre de 2000, procedente de Buenos Aires con escala en Madrid, Messi llegó con su padre a El Prat, el aeropuerto de Barcelona, donde los esperaba Gaggioli para llevarlos al hotel, justo delante del Camp Nou. Joaquín Rifé, entrenador de juveniles, lo citó para un entrenamiento con niños de su categoría, entre los que estaban Cesc Fábregas y Gerard Piqué. En uno de esos entrenamientos, que se prolongaron dos semanas, marcó seis goles y, según Joan Lacueva, ejecutivo responsable del fútbol base del club, "a la media parte tuvieron que cambiarle de equipo para equilibrar el amistoso". Sin embargo, el club seguía sin contratarlo, porque esperaban el regreso de Rexach, que había ido a los Juegos Olímpicos de Sídney. Finalmente, se organizó una prueba el 2 de octubre en el campo 3, a la vuelta de Rexach, que vio jugar a Messi y resolvió la situación: «Llegué con el partido empezado y no me dio tiempo a sentarme. Tenía claro que, si no le fichábamos, nos arrepentiríamos», recordó años después.
A pesar de que algunos técnicos no aprobaban su contratación, el 14 de diciembre Rexach se reunió en el restaurante del Club Tenis Pompeia con Gaggioli y Minguella y redactó un principio de acuerdo sobre una servilleta de papel, en el que se comprometía a su fichaje y firmaron todas las partes implicadas, a modo de contrato.
El 8 de enero de 2001, firmaron un documento en el que se aseguraban un trabajo para el padre de Messi en el fútbol base (como forma de encubrir el fichaje del adolescente) y el pago del tratamiento hormonal. Al mes siguiente, la familia Messi se instaló en Barcelona, primero en un hotel y luego en un departamento en Les Corts. La madre y los hermanos regresaron a Rosario poco después.